Это может быть нежелательным эффектом функции «Присоединить модальные диалоги». Если этот параметр включен, модальное диалоговое окно прикрепляется к родительскому окну и не может быть перемещено. Это по умолчанию включено в Gnome Shell.
Отключите эту функцию в Gnome Tweaks на вкладке «Windows». Тогда эти диалоги будут вести себя независимо, как и любые другие r windows. Затем появляется возможность переместить его, чтобы увидеть, что находится под ним, если это необходимо.