Мой ответ r может вас разочаровать, но вы не можете автоматически скрыть список окон. Это официально поддерживаемое расширение Gnome Shell не поддерживает этого. Потребуется адаптировать исходный код расширения.
В качестве обходного пути вы можете добиться большей части той же функциональности, используя tint2 , облегченную панель и taskba r, вместо расширения Window List. Его можно настроить на автоматическое скрытие. tint2 доступен в источниках программного обеспечения Ubuntu и может быть установлен с sudo apt install tint2.